Essas iniciativas embasaram a proposta de criação de um Programa interdepartamental de Pós-graduação em Agroecologia na UFV, em nível de Mestrado Acadêmico, que começou suas atividades em 2011. O foco da proposta institucional de criação do programa sempre foi aproveitar a excelência da UFV na área das ciências agrárias e com forte vínculo com a agricultura de escala para consolidar uma visão diferenciada e qualificada voltada para o manejo sustentável na produção agrícola, florestal e pecuária, em conexão com agricultores familiares, e centrada na busca da garantia da soberania e segurança alimentar e nutricional e o direito humano à alimentação adequada e saudável. O corpo de orientadores é formado atualmente por docentes dos Departamentos de Agronomia, Economia Rural, Nutrição e Saúde, Solos e Zootecnia da UFV, bem como da Epamig. Colaborações com docentes, pesquisadores e técnicos de outros departamentos da UFV e de outras instituições públicas e privadas de ensino e pesquisa do Brasil e do exterior são uma realidade e incrementam as trocas de experiências e os ganhos científicos. Além dessas parcerias, o Programa também tem atuação articulada e cooperação com entidades da sociedade civil (ONGs, sindicatos, organizações de agricultores) da região de Viçosa e Zona da Mata. 

A multidisciplinaridade proveniente de profissionais de diferentes Departamentos, linhas de pesquisas e formação confere a possibilidade de se estudar/pesquisar a interação da sustentabilidade do meio ambiente, com as culturas locais, condições de vida e saúde dos agricultores e familiares, bem como conhecer as características dos alimentos produzidos em sistemas agroecológicos. Desde sua criação, o Programa de Pós-graduação em Agroecologia da UFV vem sendo classificado com Conceito 4 nas avaliações conduzidas pela CAPES. 

A seleção dos futuros ingressantes no Programa se dá por meio de edital específico. O processo consta da avaliação do currículo e de documentos comprobatórios, e de uma arguição presencial ou on-line, conforme escolha do candidato. Na inscrição, o candidato indica a linha de pesquisa de interesse e faz uma proposta de opções de orientador/a com quem deseja trabalhar.